Моделирование и дизайн генома во всех сферах жизни с Evo 2

Абстрактный

Весь код жизни для информации с ДНК. В то время как секвенирование, синтез и редактирование инструментов геномного кода трансформировали биологические исследования, интеллектуальная состав новых биологических систем также потребует внутреннего понимания огромной сложности, кодируемой геномами. Мы представляем Evo 2, модель биологического основания, сформированной на 9,3 миллиардах пар оснований ДНК из очень организованного геномного атласа, охватывающего все области жизни. Мы формируем Evo 2 с параметрами 7b и 40b, чтобы иметь окно токена 1 миллиона токенов, беспрецедентное с разрешением нуклеотидов. Evo 2 узнает только о последовательности ДНК для прогнозирования функциональных воздействий генетических изменений — не -кодирующих патогенов на клинически значимые варианты BRCA1 — бесконечные исследования, специфичные для задачи. Применяя механистический анализ интерпретации, мы показываем, что EVO 2 автономно изучает ширину биологических характеристик, включая пределы экзона-интрона, сайты связывания для транскрипционных факторов, структурные элементы белков и геномные области пропага. Помимо своих прогнозных способностей, Evo 2 генерирует последовательности митохондриальных, прокариот и эукариот по шкале генома с большей естественностью и когерентностью, чем предыдущие методы. Руководство EVO 2 посредством исследований во время вывода позволяет контролируемой генерации эпигеномной структуры, для которой мы демонстрируем первый шкал временного вывода в биологии. Мы делаем Evo 2 полностью открытым, включая параметры модели, код обучения, код вывода и набор данных OpenGenome2, чтобы ускорить разведку и разработку биологической сложности.