Абстрактный
Белково-белковые взаимодействия (ББВ) лежат в основе всех ключевых биологических процессов. Однако сложность структурных особенностей, определяющих ИЦП, затрудняет их разработку. Мы представляем BindCraft, автоматизированный конвейер с открытым исходным кодом для разработки белковых связующих de novo с экспериментальными показателями успеха 10–100%. BindCraft использует обученные веса глубокого обучения AlphaFold2 для создания наномолярных связующих без необходимости высокопроизводительного скрининга или экспериментальной оптимизации, даже при отсутствии известных сайтов связывания. Мы успешно разработали связывающие вещества против широкого набора сложных мишеней, включая рецепторы клеточной поверхности, распространенные аллергены, белки, созданные de novo, и мультидоменные нуклеазы, такие как CRISPR-Cas9. Мы представляем их функциональный и терапевтический потенциал, демонстрируя, что разработанные связующие могут снизить связывание IgE с аллергеном березы в образцах пациентов. Эта работа представляет собой значительный шаг вперед в направлении подхода к вычислительному проектированию «один дизайн, одно связующее», обладающего огромным потенциалом в терапии, диагностике и биотехнологии.
Декларация о конкурирующих интересах
KHG, LV, BJY и AMW являются сотрудниками Visterra Inc., США. Остальные авторы заявляют об отсутствии конкурирующих интересов.
